SMP Negeri 1 Kotaagung mempunyai tujuan khusus untuk mewujudkan visi, misi, tujuan dan target sekolah dengan orientasi penyelenggaraan pendidikan berdasarkan manajemen peningkatan mutu berbasis sekolah. Secara khusus, tujuan SMP Negeri 1 Kotaagung adalah:

1. Tercapainya tingkat kelulusan 100% dengan rata-rata nilai US: 87
2. Meningkatnya persentase lulusan yang diterima di sekolah negeri (SMA/SMK/MA) sekurang-kurangnya 90% dari lulusan.
3. Menjuarai berbagai kompetisi bidang MIPA dan IPS di tingkat daerah, nasional atau internasional
4. Unggul dalam lomba Olah Raga, Kesenian, Bahasa Inggris, Bahasa Indonesia, dan Pramuka.
5. Terlaksananya program berbagai kegiatan keagamaan seperti: Pesantren Kilat/ Ramadhan, retreat dan peringatan hari besar keagamaan.
6. Terlaksananya program 7 K (Keamanan, Ketertiban, Keindahan, Kebersihan, Kenyamanan, Kerindangan, Kekeluargaan) sehingga sekolah menjadi kondusif
7. Menciptakan sekolah hijau atau ramah lingkungan
8. Tersedianya media pembelajaran standar  yang diperlukan dengan berbasis ICT
9. Terlaksananya pelayanan yang optimal kepada semua pihak yang memerlukan berdasarkan SAS (Sistem Administrasi Sekolah).
10. Terlaksananya jalinan kerja dengan penyandang dana secara lebih efektif.
11. Terlaksananya jalinan kerjasama dengan tim ahli dalam pemetaan kepribadian, bakat minat siswa
12. Terwujudnya budaya 5 S (Salam, Senyum, Sapa, Sopan, dan Santun) dalam kehidupan sehari-hari.
13. Terwujudnya budaya literasi di lingkungan sekolah